蛋白-蛋白相互作用（Protein-Protein Interactions, PPIs）是细胞信号转导、代谢调控、染色质重塑等生物过程的核心。识别和解析蛋白互作网络，不仅有助于揭示细胞功能机制，还在药物靶点筛选、疾病机制研究中发挥关键作用。随着质谱技术（Mass Spectrometry, MS）在蛋白组学中的快速发展，它已成为研究蛋白-蛋白相互作用最可靠的工具之一。

一、质谱如何助力蛋白互作研究？

传统的酵母双杂交（Y2H）和免疫共沉淀（Co-IP）在检测PPIs方面虽具价值，但局限性明显：Y2H多限于核内互作，Co-IP易出现非特异背景。而质谱结合免疫富集、化学交联等策略，可实现高通量、定量和结构级别的蛋白互作分析。

核心优势包括：

• 高通量识别：单次实验即可识别数百到上千种互作蛋白
• 特异性强：通过标签纯化、严格洗脱和对照策略大幅降低假阳性
• 定量能力强：结合SILAC、TMT等标记手段可实现互作强度的动态分析
• 可结构解析：交联质谱可提供互作位点及空间构象信息

二、主流质谱互作研究策略解析

1、亲和纯化质谱（Affinity Purification-MS, AP-MS）

这是当前最常用的互作研究方法。操作流程包括：

（1）将目标蛋白（“诱饵”）融合带标签的表达载体（如Flag、HA、Strep-tag等）

（2）经细胞裂解后使用对应抗体进行免疫富集

（3）洗脱后送质谱分析识别共纯化蛋白（“猎物”）

优势：

• 特异性高，易于操作
• 可配合稳转细胞或瞬转表达系统
• 可结合标签定量技术实现互作强度对比

局限：

• 不能捕捉瞬时、弱亲和力的互作
• 标签位点可能影响蛋白结构和功能

百泰派克生物科技采用低背景磁珠系统和优化裂解/洗脱体系，搭配Orbitrap高分辨率质谱平台，可实现对低丰度互作蛋白的精准识别和定量。

2、交联质谱（Cross-linking MS, XL-MS）

XL-MS通过化学交联剂将空间邻近的氨基酸残基“固定”下来，再经酶切、富集和质谱分析，不仅可识别互作蛋白，还能提供结构层面的互作位点信息。

优势：

• 提供残基级互作位点
• 可用于研究蛋白复合物构象
• 适用于原位细胞和组织样本

技术挑战：

• 数据解析复杂
• 需高分辨率MS及强大数据算法支持

百泰派克生物科技整合DSS、BS3等主流交联剂方案，并搭配专用交联肽富集流程与自研分析算法，显著提升交联谱图识别率和位点解析精度。

3、标签辅助邻近标记（BioID / TurboID）

BioID与TurboID基于融合蛋白的邻近标记特性，利用突变生物素连接酶在活细胞中将“近邻蛋白”标记生物素，从而通过链霉亲和纯化后质谱分析识别互作蛋白。

优势：

• 适用于弱或瞬时互作
• 实现在活细胞、原位条件下检测
• 非依赖结构复合物的稳定性

注意事项：

• 存在较高背景标记
• 时间/表达调控需优化

百泰派克生物科技已建立TurboID慢病毒稳定细胞株构建平台，配套生物素富集与深度质谱检测流程，适合难转染细胞或原代细胞系。

三、不同策略的选择建议

针对不同研究目标，往往需联合多种策略。例如，先用TurboID筛选候选互作蛋白，再用AP-MS验证其特异性，最后用XL-MS解析结构。

四、百泰派克生物科技的蛋白互作质谱服务优势

作为专业的蛋白组学与质谱平台，百泰派克生物科技提供一站式蛋白互作研究解决方案，包括：

• 表达载体设计与构建
• 细胞系构建与标签表达验证
• 多策略纯化与富集方案
• Orbitrap Exploris与QE Plus高分辨率质谱检测
• 定量/交联/邻近标记互作分析全流程
• 专业生信团队支持谱图分析与互作网络构建

无论您关注的是新型药物靶点发现，还是复杂信号通路解析，我们都能提供定制化、高灵敏度、可发表级别的蛋白互作质谱数据支持。

质谱技术已从简单的蛋白鉴定工具，发展为解析动态互作网络和结构构象的核心方法。随着AP-MS、XL-MS与TurboID等策略不断成熟，科学家们可以更全面地揭示细胞功能背后的分子协作机制。如果您正计划开展蛋白互作研究，欢迎联系百泰派克生物科技获取免费的技术咨询与项目评估支持。我们期待与您共同推进生命科学研究的每一步。

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百泰派克生物科技特色项目

一、蛋白测序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos质谱仪及岛津公司埃德曼降解测序系统对蛋白质序列进行分析，提供基于质谱的蛋白测序分析服务，包括对蛋白质的氨基酸组成分析，N端测序，C端测序和全序列分析，以及基于埃德曼降解的蛋白质N端序列分析服务。对于未知理论序列的蛋白质，提供基于从头测序法的蛋白质从头测序服务，对蛋白序列进行分析。

※服务优势：

1.采用目前世界上先进的质谱仪器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可实现对所测定靶蛋白序列 100% 的覆盖;

3.可测定蛋白N端多达 70个氨基酸序列;

4.可测定多种形式的样品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白条带;

5.样品用量低: 蛋白样品仅需 5-10ug，即可完成检测;

6.测序不受N端封闭，PEC和和糖基化等N端修饰的影响。

二、蛋白质组学

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos质谱平台结合Nano-LC，提供定量蛋白质组学、靶向蛋白质组学、多肽组学、翻译后修饰蛋白组学等多种蛋白质组学分析服务。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4D蛋白质组学服务，助力微量样本蛋白组学、大样本群医学及高通量修饰组学等研究工作。

※服务优势：

1 .高通量定量蛋白分析:多对照组大规模实验分析，发现新的生物标记物;

2.体内体外多种蛋白质标记方法，适用于分析组织、细胞、血液等多种样品;

3.质谱分析灵敏度高，实验结果重复度高;

4.可检测较低丰度蛋白，线性范围广;

5.专业生物信息学分析，分析更系统准确。

三、单细胞质谱流式技术分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm质谱流式系统进行单细胞质谱流式技术分析，采用金属元素标记物（通常是金属元素标记的特异抗体）标记细胞表面和内部的分子，然后用流式细胞原理分离单个细胞，再用电感耦合等离子体质谱（ICP-MS）分析单个细胞的原子质量谱，最后将原子质量谱数据转换为细胞表面和内部的信号分子表达量。

※服务优势：

1.技术先进，填补技术空白

采用金属标记抗体技术，避免了传统流式荧光通道少且易相互影响的问题。可在单细胞层面上对多种指标同时进行表征，百泰派克生物科技可做到同时检测51个目标蛋白。

2.分析数量大，成本较低

单细胞RNAseq受成本等因素限制，所有样本细胞汇总的分析数目一般在2x10^4个左右，而流式质谱技术一次（单样本）就可分析至少10^5的细胞，实现了数量级的提高，且成本不高于单细胞RNAseq。

3.应用前景大

①流式质谱结果可以给出细胞亚群的变化，在临床诊断、疾病机制研究等方面具有极大的研究前景；

②将金属标签技术与其他技术结合会有新应用方向。除常规蛋白外，质谱流式细胞技术还可用于蛋白翻译后修饰；

③可检测细胞存活率、细胞大小、mRNA转录子表达量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现

百泰派克生物科技的基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现一站式解决方案包括我们专有的、高度敏感的免疫肽富集和鉴定方案。我们能够帮助您实现10,000个以上I型多肽和10,000个以上II型多肽的鉴定和识别。通过我们优化的高通量免疫多肽组学分析平台进行免疫肽组学分析，可从最小的样品材料中进行可重复的识别和定量。该服务可以应用于大规模的研究，旨在助力科研工作者寻找癌症、免疫疾病及传染病的解决方案，深入挖掘未知的靶标。

五、生物药物表征

百泰派克基于高分辨率质谱技术，MALDI TOF，高效色谱分离技术，提供一系列完善的生物药物分析方案，从蛋白质、多肽、抗体、疫苗等生物制品的氨基酸组成和一级结构分析，到产品变异性和纯度分析。旨在提供优质生物药物分析服务，帮助生物医药生产商提高生物药物品质。

百泰派克生物科技七大检测平台

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物质谱多组学优质服务商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于为生物/制药和医疗器械行业提供质量控制检测和项目验证等专业服务。公司实验室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法规和指导原则，通过CNAS/ISO9001双重质量体系认证，建立了完备的质量体系，数据冷热/异地备份，设备定期计量/期间核查，软件审计追踪，为客户提供一体化解决方案和技术服务，支持新药研发、药物申报注册和生产放行。

1.公司采用ISO9001质量控制体系，专业提供以质谱为基础的CRO检测分析服务；

2.获国家CNAS实验室认可，为客户提供符合全球药政法规的药物质量研究服务；

3.业务范围覆盖蛋白质组学、多肽组学、代谢组学、生物药物表征、单细胞分析、单细胞质谱流式、生信云分析以及多组学生物质谱整合分析等；

4.七大质量控制检测平台，满足您一站式服务需求；

5.服务3000+企业，10000+客户的选择；

6.致力于为您提供优质的生物质谱分析服务!

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